市自然資源局設下列16個內設機構：

一、辦公室。負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作。承擔信息、安全、保密、政務公開、宣傳等工作。承擔組織編制市自然資源中長期規劃和年度計劃工作。協調自然資源領域綜合改革有關工作。承擔自然資源領域重大課題調研、重要文稿起草、綜合統計分析工作。擬訂有關財務、資金管理制度，負責機關和所屬單位財務及國有資產監管，負責部門預決算、政府采購、財政撥付、內部審計工作。組織開展自然資源領域的對外交流合作。

二、政策法規科。承擔有關地方性法規、規章草案和規范性文件起草工作。承擔有關規范性文件的合法性審查工作。統籌協調本系統依法行政和普法工作，組織開展法治宣傳教育。承擔行政復議、行政應訴有關工作。負責自然資源信訪工作。

三、行政審批科。負責對授權的自然資源行政審批事項和社會服務事項集中依法審批，對授權以外進駐實體窗口的業務負責材料傳送，并做好協調督促工作。對“十統一”政務服務系統的運行、達標情況實行事前、事中監管。受理業務咨詢。負責跨區域建設項目（含建筑、市政，下同）及重大項目的選址和建設工程設計方案審查、行政許可及規劃條件核發，以及相應的建設工程驗線和規劃條件核實工作。負責城市基礎設施配套費的代征工作。負責統籌協調分局的行政審批工作。

四、自然資源調查確權登記科（市政府調處自然資源爭議辦公室）。建立自然資源定期調查監測評價制度。定期組織實施全市性自然資源基礎調查、變更調查、動態監測和分析評價。開展水、森林、濕地資源和地理國情等專項調查監測評價工作。承擔自然資源調查監測評價成果的匯交、管理、維護、發布、共享和利用監督。指導縣（市、區）自然資源調查監測評價工作。擬訂各類自然資源和不動產統一確權登記、權籍調查、不動產測繪、爭議調處、成果應用的制度。指導監督全市自然資源和不動產確權登記工作。建立健全全市自然資源和不動產登記信息管理基礎平臺，管理登記資料。調處土地、林權等重大自然資源權屬爭議。

五、自然資源開發利用科。擬訂全民所有自然資源資產管理政策，建立全民所有自然資源資產統計制度，承擔自然資源資產價值評估和資產核算工作。編制本市全民所有自然資源資產負債表，擬訂相關考核標準。擬訂全民所有自然資源資產劃撥、出讓、租賃、作價出資、土地儲備政策。擬訂自然資源資產有償使用制度并監督實施，建立自然資源市場交易規則和交易平臺，組織開展自然資源市場調控。負責自然資源市場監督管理和動態監測，建立自然資源市場信用體系。建立政府公示自然資源價格體系，組織開展自然資源分等定級價格評估。組織實施自然資源開發利用標準，開展評價考核，指導實施節約集約利用。統籌推進全市“三舊”改造工作，會同有關部門擬訂“三舊”改造政策并組織實施。負責土地出讓金行政征收。負責市建設用地審批（審核）委員會日常工作。

六、國土空間規劃科。擬訂國土空間規劃相關政策，承擔建立空間規劃體系工作并監督實施。擬訂城鄉建設長遠規劃及年度規劃編制計劃。組織編制全市國土空間規劃、市區總體規劃和各相關專項規劃并監督實施。負責組織編制、審核市規劃區內控制性詳細規劃，負責組織編制重要地區、重點地段修建性詳細規劃及城市設計。承擔報省政府及市政府審批的國土空間規劃的審核、報批工作，指導和審核涉及國土空間開發利用的重大專項規劃。開展國土空間開發適宜性評價，負責國土空間規劃實施監測、評估和預警。

七、國土空間用途管制科。監督實施國土空間用途管制制度規范和技術標準。提出土地年度利用計劃并組織實施。組織擬訂耕地、林地、草地、濕地等國土空間用途轉用政策，對建設項目用地進行審核和預審。承擔各類土地用途轉用的審核、報批工作。承擔土地征收征用管理工作及城鄉建設用地增減掛鉤工作。擬訂城鄉規劃管理等用途管制政策并監督實施。

八、耕地保護監督科。負責擬訂并實施耕地保護政策規定，組織實施耕地保護責任目標考核和永久基本農田特殊保護，負責永久基本農田劃定、占用和補劃的監督管理。承擔耕地占補平衡管理工作。負責耕地保護政策與林地、草地、濕地等土地資源保護政策的銜接。

九、國土空間生態修復科。負責承擔國土空間生態修復政策研究工作，擬訂國土空間生態修復規劃。承擔國土空間綜合整治、土地整理復墾（含拆舊復墾）、礦山地質環境恢復治理等工作。承擔生態保護補償相關工作。指導縣（市、區）國土空間生態修復工作。

十、地質勘查和地質災害防治科。管理地質勘查行業和全市地質工作。組織編制地質勘查規劃并監督檢查執行情況。管理市級地質勘查項目，組織實施市重大地質礦產勘查專項。監督管理地下水過量開采及引發的地面沉降等地質問題。負責落實防災減災規劃相關要求，組織編制地質災害防治規劃并指導實施。承擔地質災害預防和治理工作。參與地質災害應急處置。組織指導協調和監督全市地質災害調查評價及隱患的普查、詳查、排查。指導開展群測群防、專業監測和預報預警等工作。

十一、礦產資源管理科。編制實施礦產資源規劃。監督管理礦產資源合理利用和保護。承擔探礦權、采礦權審批登記，負責重要礦區和保護性開采的特定礦種開采管理工作。承擔礦產資源儲量評審、備案、登記、統計和信息發布及建設項目壓覆重要礦產查詢相關工作。實施礦山儲量動態管理，建立礦產資源安全監測預警體系。監督地質資料匯交、保管和利用。調處重大礦業權權屬糾紛。監督管理古生物化石。

十二、村鎮規劃管理科。負責全市城鎮規劃的管理和督查；負責全市規劃行業監管。負責對下轄縣（市）規劃管理進行技術指導和業務培訓。負責組織對下轄縣（市）縣城及中心鎮的總體規劃進行審查（批）。負責全市城鄉規劃統計相關工作。指導綠道規劃建設管理，統籌協調推進南粵古驛道修復和活化利用。

十三、自然資源技術科。擬訂自然資源領域科技發展規劃、計劃并組織實施。組織實施自然資源領域市級重大科技工程、項目及創新能力建設。承擔科技體系建設及科技成果的管理工作。負責擬訂城鄉規劃管理相關技術標準，監督實施有關技術標準、規程規范。承擔自然資源信息化改革和管理相關工作；負責自然資源信息數據庫的管理；負責自然資源業務培訓、技術會議、市城市規劃委員會辦公室日常工作。

十四、測繪地理信息管理科。擬訂全市基礎測繪規劃、計劃并監督實施。組織實施市級基礎測繪和地理信息資源建設等重大項目。建立和管理全市測繪基準、測繪系統。監督管理民用測繪航空攝影和衛星遙感。擬訂測繪行業管理政策，監督管理測繪活動、質量，管理測繪資質資格。擬訂地理信息安全保密政策措施并監督實施。負責地理信息成果管理和測量標志保護，審核重要地理信息數據。負責地圖管理，審查向社會公開的地圖，監督互聯網地圖服務，開展國家版圖意識宣傳教育，協同擬訂界線標準樣圖。提供地理信息應急保障，指導監督地理信息公共服務。

十五、執法監督科。擬訂自然資源違法案件查處的規定并指導實施。查處重大國土空間規劃和自然資源違法案件，指導監督全市違法案件調查處理工作，協調解決跨區域違法案件查處。配合國家自然資源領域督察相關工作。負責市規劃區違法建設的規劃定性工作。指導縣（市、區）自然資源執法機構和隊伍建設。

十六、人事科。承擔機關和所屬單位的人事管理、機構編制、勞動工資等工作。指導自然資源人才隊伍建設等工作。承擔機關和所屬單位的離退休人員服務工作。承擔行業相關的職稱改革及專業技術職稱評審工作。負責自然資源能力素質培訓。

機關黨委。負責機關和所屬單位的黨群工作。